Organizatorami Kongresów Młodych Matematyków Polskich (od drugiego począwszy)  są jednostki naukowe, posiadające uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk matematycznych. Główni organizatorzy Pierwszego Kongresu (2004) to Instytut Matematyczny PAN i Polskie Towarzystwo Matematyczne. Ustalono, że głównymi organizatorami każdego z następnych Kongresów będą Instytut Matematyczny PAN i Wydział (Instytut) wyższej uczelni, na której dany Kongres się odbędzie. Pozostałe jednostki są współorganizatorami Kongresu. W przypadku Drugiego Kongresu (2008) obok Instytutu Matematycznego PAN głównym organizatorem był Wydział Matematyki i Informatyki UAM w Poznaniu.

Organizatorzy III Kongresu Młodych Matematyków Polskich

Organizatorzy główni:

Instytut Matematyczny Polskiej Akademii Nauk

Uniwersytet Jagielloński, Wydział Matematyki i Informatyki

Współorganizatorzy:

Uniwersytet Gdański, Wydział Matematyki, Fizyki i Informatyki

Uniwersytet Śląski w Katowicach, Wydział Matematyki, Fizyki i Chemii

Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie, Wydział Matematyki i Informatyki

Uniwersytet Łódzki, Wydział Matematyki i Informatyki

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, Wydział Matematyki i Informatyki

Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Wydział Matematyki i Informatyki

Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki

Politechnika Warszawska, Wydział Matematyki i Nauk Informacyjnych

Uniwersytet Wrocławski, Wydział Matematyki i Informatyki

Politechnika Wrocławska, Instytut Matematyki i Informatyki

Uniwersytet Zielonogórski, Wydział Matematyki, Informatyki i Ekonometrii